孔氏的起源可以上溯到歷史傳說時期。遠古皇帝時代已經有孔姓，因當時有個史官，叫孔甲，曾經作《盤盂》一書，但是因為孔甲之后沒有孔姓世系資料，所以一般認為孔姓源于子姓，而源于子姓之孔又有三種說法： 
　　第一、 根據宋代的《廣韻》記載，契是商族的始祖，為子姓，歷經十四代，傳到成湯，滅下桀，建都于亳。成湯是一個圣明的君主，其子孫中有一支以商族的姓"子"以他字中的"乙"組合起來定為姓氏就是孔氏。 
　　第二、 據唐人林寶《元和姓篡》所說，西周初期，由殷縐王的哥哥微子啟建立的宋國，為子姓。微子啟死后，其弟衍繼位。其曾孫的玄孫正考父，是宋國上卿。其子名嘉，字孔父，史稱孔父嘉。春秋時期孔父嘉的后代，以孔為氏，就形成了這支孔氏。 
　　第三、 另據《姓考》等書的記載，春秋時期鄭國（今河南新鄭）有出自姬姓的孔氏，衛國（今河南滑縣東）有出自古佶姓的孔氏，陳國（今河南淮陽）有出自媯姓的孔氏。 
　　第四、 以人名為姓。是鄭穆公的后代。鄭穆公，其后人有孔張，他的支庶子孫亦為孔氏，此為出自姬姓的孔氏別支。見《左傳》。 

　　孔子的先世出自王家。商紂王的哥哥、殷末“三仁”（即箕子、微子、比干）之一微子啟，即其遠祖。西周初年，微子受封于宋，都于商丘。五傳至于弗父何，禮讓其國于其弟宋厲公，自為宋國大夫（《孔子家語》），弗父何即孔子十世祖。從此，厲公一系世掌宋國君權，維系著并不出色的世襲統治；弗父何一系則成為宋國輔政公族，保持著宋國高水平的文化素養。再三傳為正考父。正考父知書識禮，以謙謙君子知名后世。他熟悉商代文獻，曾校“商之名頌”于周太史氏。他受君委命，一命而俯，再命而樓背，三命而籌折，鞠躬如也。他連走路也靠墻循邊，不爭于人。然而至其子孔父嘉時，情況則大為惡化。嘉作來較公大司馬，窮兵黷武，“十年而十一戰”，民怨沸騰。可巧政敵太宰看上他年輕美貌的妻子，與之相遇于途，“目逆而送之，曰：美麗艷”（《左傳》桓公二年）。太宰督假公濟私，利用國人的不滿情緒，捍然發動政變，殺孔父嘉。鼓公出面干涉，被就。太宰督納其妻而逐其子，孔子祖先結束世為大夫的貴族生涯，一落千丈，淪為平民。孔父嘉之子木金父逃難于魯，卜居于曲阜東昌平鄉之販邑。子孫襲姓孔氏，遂為魯人。心有余悸的孔氏子孫，隱姓埋名，一連四世皆不顯，一直到孔子父親叔梁紇，才稍有事跡見載于史冊。 
　　叔梁紇是個武士。叔梁乃字，紇是其名，稱“叔梁紇”是尊稱。長于吸邑，又稱瞰叔紇。叔梁紇腰圓體壯，雷力過人。嘗為大夫孟獻子武士，頗以勇武聞名于時。《左傳》襄公十年載：公元前563年，叔梁紇隨諸侯軍討伐伯陽。伯陽雖是個附庸小國，卻長于詭計。當諸侯軍兵臨城下四面楚歌之時，伯陽人大開城門，妄稱受降。諸侯軍不知其詐，狠然爭入，軍人方半，伯陽人猛然放下高懸的城門，諸侯軍有被攔腰截斷，各個殲滅的危險。叔梁紇見勢不妙，雙手托住千斤城門，呼令諸侯軍迅速撤出，避免了一場重大災難。七年后，叔梁紇與大夫臧孫紀同守防邑，被齊軍團團圍困，眾寡懸殊，動彈不得。一天夜里，叔梁紇偵察好敵情，挑選精壯三百，披堅執銳，乘間突圍。將臧孫給送出重圍，然后又神不知鬼不覺地重返防邑堅守。一往一來，如入無人之境（《左傳》襄公十七年）。由于他有謀有勇，遂以武功知名諸侯。后升為吸邑大夫。孔氏子孫終于向久違了的貴族集團邁進了一大步。 
　　叔梁紇先娶施氏，連生9子，都是千金；再娶一妾，生子孟皮，又破其腳。叔梁紇為使先人香火有后，以便重振家業。于是，在60余歲的翩翩老矣之年，還向顏氏求婚。顏氏是曲阜大族，家有三女，大女二女都不愿意嫁給這位盡管是英雄的老人，但三女徵在卻慨然允婚，并很快有了身孕。十月大期，產下一男，便是孔子。孔子生時頭頂內凹（圩頂），有似阿丘，故名孔丘；生前父母曾禱于尼山，因字仲尼。關于孔子出生，還有一個公案。《史記》說：“紇與徵在野合而生孔子。”野合，《史記》三家注，說是紇年長，徵在少，不合“壯室初等”之禮，非禮曰野，故曰“野合”。