早在五六千年前，華夏、東夷兩族的祖先就在這里繁衍生息，創(chuàng)造人類早期的文明。炎帝、黃帝、少昊徙都于此。曲阜，商為奄國(guó)都，周為魯國(guó)都，公元前249年楚滅魯始設(shè)魯縣，公元584年定縣名為汶陽(yáng)，公元596年初定縣名為曲阜。因“魯城中有阜，逶曲長(zhǎng)七八里”而得名。627年并入泗水，634年恢復(fù)曲阜建制，1012年更名為仙源，1129年又恢復(fù)曲阜縣名。1945年底，曲阜與泗水并稱曲泗縣，1946年春，曲、泗分治。1958年，將滋陽(yáng)并入曲阜，1962年初，仍按兩縣原行政區(qū)域分治。1986年6月，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷曲阜縣，設(shè)立曲阜市。

截至2024年，曲阜市轄4個(gè)街道、8個(gè)鎮(zhèn)：魯城街道、書(shū)院街道、時(shí)莊街道、小雪街道、吳村鎮(zhèn)、姚村鎮(zhèn)、陵城鎮(zhèn)、尼山鎮(zhèn)、息陬鎮(zhèn)、王莊鎮(zhèn)、石門(mén)山鎮(zhèn)、防山鎮(zhèn)。36個(gè)社區(qū)，292個(gè)行政村，常住人口61.53萬(wàn)人。

“曲阜”之名最早見(jiàn)于《禮記》，東漢應(yīng)劭解釋道：“魯城中有阜，委曲長(zhǎng)七、八里，故名曲阜”。

早在上古時(shí)代，人類祖先就在曲阜一帶生息勞作，開(kāi)拓了早期的物質(zhì)文明，文物發(fā)掘中發(fā)現(xiàn)大量公元前4300--前2400年間的“大汶口文化”和‘龍山文化’遺跡。據(jù)古籍記載，在四、五千年前，這里即是炎帝神農(nóng)氏營(yíng)都聚居的“大庭氏之墟”。

大約公元前二十七世紀(jì)末葉，中華民族的‘人文初祖軒轅黃帝誕生于曲阜壽丘。繼黃帝之后，少昊曾在曲阜營(yíng)建都城。相傳少昊在位84歲，壽百歲，崩葬曲阜城東北壽丘云陽(yáng)山，與二帝三王(堯、舜、禹、湯、文、武)、周公、孔子并稱萬(wàn)世享祀。

中國(guó)古史相傳的“三皇五帝”中，有四人曾在曲阜留下了活動(dòng)的蹤跡，開(kāi)創(chuàng)了發(fā)達(dá)的古代文明。公元前二十一世紀(jì)前后，曲阜屬上古堯舜時(shí)代九州之一的徐州。公元前十六世紀(jì)后的商代，曲阜為奄國(guó)國(guó)都，并一度成為商王朝的都城。公元前1046年，西周武王伐紂滅商，武王將其胞弟、王國(guó)宰輔周公旦封于故奄地曲阜，立國(guó)為“魯”。

公元前249年楚國(guó)滅魯，始設(shè)魯縣，596年初定縣名為曲阜。

秦始皇二十四年（公元前223年），秦滅楚，魯縣入于秦。秦始皇二十六年（公元前221年）統(tǒng)一中國(guó)，始實(shí)行郡縣制，魯為薛郡，郡治在曲阜。

漢景帝三年（公元前154年），帝劉啟改封皇子、淮南王劉余為魯王，以魯縣為國(guó)都。

隋文帝開(kāi)皇四年（584年），詔改魯縣為“汶陽(yáng)”，自魯國(guó)滅亡改為魯縣，至是年止，曲阜以“魯”為縣名，歷時(shí)長(zhǎng)達(dá)833年。

隋開(kāi)皇十六年（598年），詔改縣名為“曲阜”，“曲阜”一名，一直沿用至今。

宋真宗時(shí)曾改名為仙源縣。仙源縣城是曲阜有史以來(lái)繼周、漢魯城之后的第三座古城。宋高宗建炎二年（1129年），金兵南下，仙源縣入金朝，恢復(fù)曲阜縣舊名。

明正德六年（1511年），河北劉六、劉七率領(lǐng)的農(nóng)民起義軍“破曲阜、焚官寺民居數(shù)百，縣治為墟”。明武宗朱厚照詔令山東巡撫于魯故城西南隅以孔廟為中心重筑新城，即現(xiàn)存明故城。

清代，曲阜地方建制與明代基本相同。

民國(guó)十七年（1928年），直接隸屬山東省。民國(guó)二十九年（1940年），屬兗濟(jì)道。民國(guó)三十四年（1945年），與泗水并成為曲泗縣。民國(guó)三十五年（1946年），曲泗分治。民國(guó)三十七年（1948年），隸屬魯中南行政區(qū)第四專區(qū)，后改稱尼山專區(qū)和滕縣專區(qū)。同年，曲阜解放。

新中國(guó)：1949年，曲阜隸屬于滕縣專區(qū)（專區(qū)駐地滕州市）。1953年，滕縣專區(qū)搬遷到濟(jì)寧，曲阜改屬濟(jì)寧專區(qū)。1958年，滋陽(yáng)并入曲阜，1962年，曲、滋分治，恢復(fù)原建制。1983年，濟(jì)寧地區(qū)改為省轄市，曲阜仍隸屬濟(jì)寧市。1986年6月，改為縣級(jí)市，始稱曲阜市，屬濟(jì)寧市代管。